全国政协委员贾康在《关于加快环境保护税立法》的提案中建议：
一是顺应总体财税改革方向和部署加快立法、及早开征环境保护税。在稳定宏观税负的前提下开征环境保护税，可在环境费改税、改革资源税的同时，相应减少企业所得税、关税等税负。同时，建议环境保护税全部进入地方税收入，作为一般预算收入统筹管理，不延续“专款专用”的老路。为了解决基层环保官员靠排污费发工资的情况，从编制和预算上向基层环保部门适当倾斜以“收支两条线”规范强化基层环保监管。
二是适当提高环境保护税税率并缩小免征范围。可以参照一些省市已自行调高的环境费率作优化设计，如北京市二氧化硫、氮氧化物、化学需氧量排污费水平均已提高到每千克10元，远高于征求意见稿中每千克1.26元、1.26元和1.4元的水平。据测算，我国电厂脱硫脱硝成本分别为每千克2元和5元，均高于征求意见稿中每千克1.26元的水平。如果不调高征收标准，开征环境保护税对减排的促进作用会大打折扣。此外，不建议对非规模化养殖的农业、达标的城镇污水处理厂和生活垃圾处理厂免征环境保护税。2013年，城市污水排放占我国废水排放总量的近七成；2014年到2020年预计我国城镇生活垃圾将新增3162万吨；2014年农业贡献的化学需氧量和氨氮排放占到了总量的48%和32%。这三类污染源从绝对量和相对量上都非常可观，建议取消与其相关的免征规定。
三是设计清晰的部门协调分工。在已有征求意见稿基础上，进一步细化征收管理流程，明确纳税单位、税负和环保部门的责任义务。可参考环保部门现已拥有的排污申报及核定数据作为核定环境保护税应纳税额的基础数据，避免不必要的重复工作给企业和政府部门带来过多额外负担。今后由企业向环保部门申报污染物、环保部门审核污染物排放数据、企业根据审核后的排污数据向税务部门申报环境保护税、由税务部门征收，同时各部门实现信息共享，紧密合作。
