该工程规划的输水线路总长超过1390公里，大致方向为：引江济巢段，从引江口至派河口，由西河、兆河和菜子湖、孔城河、白石天河二条输水线路，以及为回避巢湖水质污染而在巢湖南岸新辟的合分输水线路组成；江淮沟通段，由派河上溯至骆郢枢纽抽水上岗，通过开挖明渠穿越江淮分水岭入东淝河上游，经瓦埠湖调蓄后流入淮河干流；江水北送段，经蚌埠闸调蓄后利用颍河、涡河、茨淮新河、西淝河、怀洪新河等河道继续向皖北、豫东送水。
为打通引江济巢的菜子湖线路，合肥境内将实施三大工程：扩挖流经庐江县的孔城河，按内河三级通航标准实施；切开菜子湖与巢湖流域分水岭，使孔城河与巢湖支流罗埠河连通，沟通两湖水系；新建庐江节制枢纽，包括节制闸和船闸，防止水位远高于巢湖的菜子湖对巢湖防洪形成威胁，同时满足船舶通行要求。
