此次审计发现的问题主要有以下四类。
一是工程建设中存在违反招投标规定的问题。主要是电网公司未经招标将部分电网工程直接发包给关联企业，招标中存在大幅压缩招投标时间、评标不合规等问题，涉及金额34 .39亿元，占审计抽查金额的16%。二是设备材料采购、招标代理等业务中存在未按规定招标问题。主要是电网公司直接指定关联企业承担部分设备材料采购、招标代理等业务，并借机多支付相关费用，由此向关联企业输送利益8 .19亿元。三是工程投资控制不严。主要是电网公司工程初步设计概算偏高，约束力不强，存在多支付工程价款、挤占工程建设成本等问题，导致多计投资10 .44亿元。四是套取建设资金私设“小金库”问题。主要是电网公司所属部分施工单位编造虚假合同、使用虚假发票等套取电网工程建设资金13 .81亿元，用于私设巨额“小金库”，主要用于发放奖金、列支各种费用。
审计署称，此次审计发现的涉及工程招投标、设备材料采购、建设资金使用等方面的违法违纪案件线索，已依法移送有关部门查处。
“电力行业容易出现问题的还是工程招投标和采购，尤其是一些省级以下的地方电网企业，如果没有关系，根本就不用去参加招投标，而且关系不硬的，即使拿到招投标项目，也赚不到钱。”曾参与竞标的一位人士告诉《经济参考报》记者，有些地方电网企业成立公司参与自己的相关工程招投标，中标后再分包给其他企业，从中牟利。
审计署固定资产投资审计司主要负责人在接受记者采访时表示，审计署对西电东送工程进行审计的目的是检查工程建设管理、进度、质量，评价工程建设效益和成效，揭示电网工程建设管理中存在的主要问题。其中，“加大能源建设领域反腐败查处力度，进一步制约和规范权力运行，促进电力工程建设领域深化改革”也是开展此次审计的重要因素。
审计署已向国家电网和南方电网两家公司出具了审计报告，两家公司正在对审计指出的有关问题进行整改。
